Esa Ruuttunen opiskeli aluksi teologiaa ja toimi valmistuttuaan papin virassa Temppelinaukion kirkossa Helsingissä noin 10 vuoden ajan. Viranhoidon ohessa hän opiskeli laulua Sibelius-Akatemiassa, josta hän valmistui vuonna 1980.

Savonlinnan oopperajuhlien solistikuntaan hän on kuulunut 1980-luvulta lähtien ja sai 2000 vuoden taiteilijan nimityksen. Vuodesta 2004 Ruuttunen on toiminut Nivalan oopperakeskushankkeen taiteellisena johtajana, ja kyseisenä vuonna kantaesityksen saaneessa, Ilkka Kuusiston säveltämässä PULA! Ooppera konikapinasta -teoksessa hän oli yhtenä pääsolistina isoisänsä Sigfrid Ruuttusen roolissa.

Vuonna 1996 Ruuttunen debytoi Deutsche Oper Berlinissä, mikä johti vierailuihin useisiin Euroopan tärkeimpiin oopperataloihin, mm. Baijerin valtionoopperaan, Covent Gardeniin, Stuttgartin ja Leipzigin oopperoihin sekä 2003 Barcelonan Liceuhun sekä 2004 Wienin ja Berliinin valtionoopperoihin.

Ruuttusen oopperarepertuaari sisältää keskeiset baritoniroolit sekä runsaasti kantaesityksiä mm. uskonnollisaiheisten oopperoiden päärooleissa. Hänen konserttiohjelmistonsa koostuu klassisen ohjelmiston lisäksi runsaasta kirkko- ja muusta hengellisestä musiikista. Vuonna 2001 hän sai Suomen Leijonan Pro Finlandia -mitalin sekä tammikuussa 2004 Wienissä Romanian valtion musiikkikomentajan kunniamerkin.

Esa Ruuttunen jäi Suomen kansallisoopperasta eläkkeelle vuonna 2005. Hän ehti kuulua sen solistikuntaan 18 vuoden ajan.

Lapuan urkufestivaalilla Esa Ruuttunen esiintyy lauantai-illan yhteiskonsertissa urkutaiteilija Matti Pesosen kanssa.