Heikki Seppänen valmistui kanttori-urkuriksi Sibelius-Akatemiasta vuonna 1984 ja suoritti musiikinjohtajan tutkinnon 1987. Kuoron-ja orkesterinjohtoa Seppänen on opiskellut mm. Ulf Söderblomin ja professori Jorma Panulan johdolla. Kapellimestarina hän on johtanut perustamaansa Turun linnan muusikot -kamariorkesteria ja tämän lisäksi hän on johtanut konserteissa mm. Turun kaupunginorkesteria, Drottningholmenin barokkiyhtyettä sekä Moskovan sinfoniaorkesteria. Heikki Seppänän on esiintynyt MSO:n kapellimestarina vuonna 2005 Moskovan konservatorion salissa.

Tällä hetkellä Seppänen toimii kirkkomuusikkona Turun Mikaelin kirkossa, ja on valtakunnallisen kirkkomuusikoista kootun Vox Cantorum -kuoron taiteellinen johtaja. Hän toimii taiteellisena johtajana myös Ruotsin kirkon suuressa virsiäänitysprojektissa, jota on toteutettu kolme vuotta.

Lapuan urkufestivaalilla Heikki Seppänen johtaa sunnuntain suurkonsertissa Moskovan sinfoniaorkesteria ja Vox Cantorum -kuoroa.